Gel permeabilna hromatografija (GPC) i hromatografija isključenja po veličini (SEC) razdvajaju analite po veličini koristeći specijalne kolone sa poroznom matricom. Osnovni princip razdvajanja se zasniva na činjenici da će manji molekuli verovatnije ući u pore, čime će njihovo vreme prolaska kroz matricu biti duže nego kod većih molekula. Razdvajanja (tipično mešavine polimera, polisaharida ili biomolekula) se olakšavaju izborom optimalne veličine čestica i pora, kao i dužine kolone.